La Resistenza in Francia e in Italia
Al termine della guerra in Spagna Scotti si rifugia in Francia, dove viene rinchiuso nel campo di concentramento di Prats de Mollo. Fuggito per ordine del Centro estero del Partito comunista di Parigi, vive qualche tempo clandestinamente a Parigi, ma all’arrivo dei tedeschi la lascia e si ricongiunge con la famiglia a Tolosa. Dal ‘42 prende parte alla Resistenza in Francia nelle file dei Francs tireurs partisans. Il 6 settembre ’43 Scotti rientra in Italia e a Milano, in ottobre, organizza le prime attività dei Gap. Nel giugno ‘44 lascia la Lombardia e si sposta in Piemonte, dove è vicecomandante generale di tutte le formazioni combattenti partigiane. Oltre all’attività di formatore politico-militare, Scotti svolge anche quella di pubblicista ed è tra i promotori de “Il Combattente”, organo delle brigate Garibaldi. Chiamato a far parte del Triumvirato insurrezionale piemontese, Scotti (nomi di battaglia: “Grossi”, "Augusto", "Fausto") organizza e dirige l'insurrezione vittoriosa.
Il partito aiuta Scotti a evadere dal campo di Prats de Mollo. Carmen invece è costretta a vagare di campo in campo con la bambina e gli altri profughi. Il 21 giugno, a Meaux nasce il secondogenito della coppia, Giuseppe detto "Pepe". A metà luglio, Scotti riesce a far scappare anche Carmen con i due figli.
Settembre 1939
Carmen si rifugia a Tolosa.
Giugno 1940
Il 10 giugno, l'Italia dichiara guerra alla Francia. Il 14, l'esercito tedesco entra a Parigi. Scotti raggiunge Carmen a Tolosa, e i due, insieme alle famiglie di Emilio Sereni e Giuseppe Dozza, si rifugiano in una fattoria a Cabirol. I tre trasformano la fattoria in un centro politico e vengono soprannominati "gli ortolani".
17 febbraio 1941
Francesco e Carmen si sposano con rito civile.
Ottobre 1941
Nell'appello di Cabirol, i rappresentanti dei principali partiti di opposizione al fascismo chiamano gli Italiani a unirsi nella lotta contro la guerra e contro il regime. Firmano l'appello per il PCI Sereni, Dozza e Scotti, Nenni e Saragat per il PSI, Trentin e Nitti per Giustizia e Libertà.
Marzo 1942
Spostatosi a Lione con Carmen e i bambini, Francesco entra a fare parte dei francs tireurs.
25 luglio 1943
Benito Mussolini viene destituito dall'incarico di Capo del governo e arrestato.
6 settembre 1943
Scotti, attraverso la Svizzera, rientra in Italia dopo sette anni.
20 settembre 1943
Scotti, con il nome di battaglia "Grossi", viene nominato comandante delle milizie garibaldine di Piemonte, Lombardia e Liguria.
Ottobre 1943
Ai primi del mese, Scotti organizza a Milano i GAP, Gruppi di Azione Patriottica.
Nello stesso periodo dà vita al foglio Il Combattente, il periodico di riferimento per le Brigate Garibaldi.
27 marzo 1944
La svolta di Salerno: Palmiro Togliatti chiede ai partiti antifascisti di accantonare la pregiudiziale antimonarchica e di entrare a far parte di un nuovo governo di unità nazionale guidato da Badoglio.
Giugno 1944
Mentre Roma viene liberata dagli angloamericani, Scotti lascia Milano per andare a dirigere le formazioni garibaldine del Piemonte, insieme a Osvaldo Negarville e Giordano Pratolongo.
Marzo 1945
Assieme a Giorgio Amendola e Giovanni Nicola, Scotti, è nominato membro del Triumvirato insurrezionale del Piemonte.
Aprile 1945
Superando le resistenze del colonnello americano Stevens, Scotti (nome di battaglia "Grossi") fa approvare il piano di insurrezione di Torino e di tutto il Piemonte, fissato per il 26 aprile, all'una di notte. Il comando in codice è Aldo dice 26x1.
25 aprile 1945
La notte del 25 inizia l'occupazione delle fabbriche di Torino. Il pomeriggio del 26 la città saluta i partigiani liberatori.
16 maggio 1945
Carmen e i bambini raggiungono Francesco a Torino.