Il patrimonio librario della Fondazione ISEC è costituito da una ricca biblioteca composta da monografie, opuscoli, periodici e tesi di laurea per un totale di oltre 75.000 titoli di storia moderna e contemporanea, storia della scienza e della tecnica, storia dell'impresa e del lavoro, architettura e design.

• Tra i fondi più rilevanti si segnalano le biblioteche provenienti dai lasciti di importanti studiosi e politici come: Franco della Peruta; Giorgio Galli; Umberto Colombo; Giuseppe Trotta; Giorgio Lunghini; Pietro Caleffi, Luigi Firrao, Arturo Colombi e Nella Marcellino; Ignazio Maria Gallino.
• Accanto ad esse sono di particolare interesse le biblioteche tecniche d'impresa quali la Biblioteca della Società Ercole Marelli, la Biblioteca AEM (Azienda Elettrica Municipale Milano) e quella di Roberto Tremelloni.
• Va inoltre ricordato il patrimonio costituito dagli opuscoli, spesso unici e dai periodici che spaziano dai "giornali clandestini" della seconda guerra mondiale ai giorni nostri.
• Di recente ISEC ha avviato in collaborazione con Museimpresa la realizzazione di una bibliografia dell'editoria di impresa dall'inizio del Novecento ad oggi.
• ISEC ospita inoltre la Biblioteca storica "Leo Finzi" della Fondazione Collegio degli ingegneri e architetti di Milano, di straordinaria importanza e ricchezza, con volumi dal XVI al XX secolo.

Infine, è disponibile online la sezione Biblioteca digitale. Questa permette di consultare periodici e monografie digitalizzati conservati presso Fondazione ISEC.