Fondazione ISEC ha una biblioteca di 100.000 volumi e 4.000 periodici di storia contemporanea, storia della scienza e della tecnica, storia dell'impresa e del lavoro, storia politica e sindacale, architettura e design.
Tra i fondi più rilevanti si segnalano:
- Biblioteca Arturo Colombi e Nella Marcellino
- Biblioteca Umberto Colombo
- Biblioteca Franco Della Peruta
- Biblioteca Giuseppe Trotta
- Biblioteche tecniche d'impresa, quali Biblioteca della Società Ercole Marelli, Biblioteca del Centro Studi delle Acciaierie e Ferriere Falck; Biblioteca Aem;
Altri fondi di particolare interesse:
- Virgilio Canzi, storia e problemi dell'agricoltura italiana e lombarda
- Cedra: lavoro, sindacati e pubblicazioni giubilari sull'industria italiana
- Marcello Cantoni, libri e riviste di medicina, igiene scolastica e del lavoro, anni 1950/70
- Società per gli studi economici e giuridici dell'agricoltura: storia e problemi dell'agricoltura italiana e lombarda
- Elio Quercioli, opuscoli politici anni 1920-30
ISEC ospita inoltre la Biblioteca "Leo Finzi" della Fondazione Collegio degli ingegneri e architetti di Milano
Infine, è disponibile online la sezione Biblioteca digitale. Questa permette di consultare periodici e monografie digitalizzati conservati presso Fondazione ISEC.