Il portale Rete degli archivi per non dimenticare è stato inaugurato il 9 maggio 2011, nel corso della cerimonia del Giorno della memoria, tenutasi al Quirinale. A conclusione del suo intervento, il Presidente della Repubblica Giorgio Napolitano ha sottolineato come il portale «varrà a esigere e fare chiarezza, ne sono sicuro, […] perché l'Italia non dimentichi ma tragga insegnamenti e forza» dalle tragedie che si sono abbattute sul nostro Paese.
L'idea di realizzare il portale all'interno del Sistema Archivistico Nazionale (SAN) nasce dalla volontà di valorizzare e rendere disponibili per un ampio pubblico le fonti documentali esistenti sui temi legati al terrorismo, alla violenza politica e alla criminalità organizzata.
Il progetto prende corpo nel 2005, grazie all'iniziativa del Centro documentazione archivio Flamigni, con il convegno Archivi in rete per non dimenticare: terrorismo, stragi, violenza politica, movimenti e criminalità organizzata (Roma, 19 dicembre 2006) che dà vita alla Rete degli archivi per non dimenticare. Il progetto si sviluppa con il sostegno, anche finanziario, dell'Archivio di Stato di Viterbo.
Alla Rete aderiscono numerosi archivi pubblici e privati, centri di documentazione e associazioni, che lavorano per conservare e tutelare la memoria storica del nostro Paese riguardo ai temi legati al terrorismo, alla violenza politica e alla criminalità organizzata.
Attraverso il portale è anche accessibile la documentazione conservata presso Archivi di Stato e altri istituti disseminati sul territorio nazionale.
I risultati del primo censimento delle fonti documentali conservate in questi archivi sono stati pubblicati nella Guida alle fonti per una storia ancora da scrivere, a cura di Ilaria Moroni, e presentati in un successivo convegno realizzato a Roma il 7 maggio 2010 sotto l'Alto Patronato della Presidenza della Repubblica.
Grazie all'iniziativa e al coordinamento della Direzione Generale Archivi, e alla collaborazione dell'Istituto centrale per il restauro e la conservazione del patrimonio archivistico e librario–Icpal (oggi Istituto Centrale per la Patologia degli Archivi e del Libro) è stato possibile realizzare il portale che raccoglie non solo la memoria che c'è ma anche il patrimonio di buone pratiche, storie e percorsi, rendendo rintracciabili i tanti documenti esistenti anche al fine di incoraggiare il lavoro degli storici di oggi e di domani. L'aggiornamento costante del Portale, l'approfondimento e l'inserimento progressivo dei contenuti saranno possibili grazie alla convenzione firmata il 30 novembre 2011 con l'Archivio di Stato di Roma e il Centro documentazione archivio Flamigni.
Il Portale documenta e approfondisce contenuti relativi a mafia, criminalità organizzata e violenza politica in Italia, basandosi in prevalenza sulle pubblicazioni Per le vittime del terrorismo nell'Italia repubblicana (a cura della Presidenza della Repubblica, novembre 2008) e Nel loro segno (a cura del Consiglio Superiore della Magistratura, 2011).
Le sezioni passato e presente, e per approfondire sono progressivamente arricchite con nuovi contenuti anche in relazione ai fatti di criminalità organizzata e violenza politica. Un comitato scientifico di esperti e storici valida l'inserimento progressivo delle informazioni.
L'attenzione costante che la Presidenza della Repubblica ha riservato al progetto conferma la volontà istituzionale di collaborare per arricchire le prospettive di ricerca.